ところで、王仁三郎はこのように三週間の後には、第一回調査の回答を根本的に否定して、筆先の解釈に誤りがあると答えたのであるが、それはすでにこの当時から、筆先にたいする幹部らの独断的な解釈を是正したいと考えていたことにもとづくものとおもわれる。しかし、いずれにしても、誤りを訂正することを承認した以上、教団としては、具体的になんらかの処置をとらなければならなかった。
第二回目の調査の直後にあたる三月二五日に開催された支部長・会合所長会議において発表された訓示などは、その具体化のひとつである。王仁三郎も浅野も調査の内容について報告はしなかったが、このとき浅野は皇道大本と修斎会の区別を明確にする必要があるとして、つぎのように訓示した。（『神霊界』大正８・４・１）
教主は教理を教ゆる方にして、是を普及し実行すべき人物、場所、建物を大日本修斎会とせり。即ち教理たる神諭を書かるるは教主にして、是を解釈研究し是を実践躬行するものは修斎会とす。従って其解釈及実行の責任は全然修斎会に帰し、教主には一切の煩労を及ぼさしめぬなり。即ち一面に於ては現行憲法、法律の規定に触るる事なく、法治国の臣民として努む可き事にして、斯くして、人事を尽して天命を待つ可きなり。
この訓示は、従来の大本の行動に関しては、神示によって筆先をだしている王仁三郎には責任がないことを表明したものである（この点は事件後、法廷で一つの争点となった憑霊の問題をふくんでおり、大本はこの立場で王仁三郎の無罪を主張した）。そしてその会議で「鎮魂帰神法は支部・会合所長若くは其代理者に非ずんば之を行はしめぬ。但し特に会長の認許したる者は此限りに非ず」とさだめて、催眠術ではないかと当局が神経をとがらしている鎮魂帰神に制限をくわえた。
こうして、大本はいちおう自粛のかまえを示したが、従米のやり方がただちにあらためられることはなかなか困難であった。
同年五月一〇日、大本にたいして、京都府警察本部は内務省の通牒にもとづいて王仁三郎を召喚し、最初の警告をだした。と同時に、第一回および第二回の調査報告を公表した。その警告の要旨はつぎのようなものである（前掲京都府警察本部発表）。
新聞紙並に出版物
世の立替、立直、祭政一致、神政復古の改造、世界統一、世界戦乱困難到来、綾部遷都、世界大家族制度、私有財産の否認、貨幣制度の廃止、その他是に類似の文辞を掲げ之を解説して、最近社会国家に一大変動あり、殆んど人類絶滅の境に望み、独り皇道大本の信者のみその災厄を免るを示し、国家の政治組織及運用に根本的変革の必然を説き、経済及び社会組織の根底より変革到来を唱へ、これが実行を期せむと称し、綾部を近く帝都となし変革経綸実行の策源地なりとし、其準備を説くが如き、公安を紊り風俗を害する虞れ多きをもって、上記の事項及び類似のものをして単に霊界の栄光を説き神人合一の理想を現はすのみに止まるものは、これを問はざるも、その実理実行の可能及び期待を説示するが如きは爾今断然廃止すべし。然らざれば新聞紙法及び出版法に依り厳重なる処分を行ふことあるべし。
講演説話
本部又は支部等において信者その他多数を集合せしめ、前記事項にわたり講説をなし、国家社会の改革、政治経済組織の変革を唱へ、且つ之が実行を説くが如きは治安警察法の適用を、又妄に社会の変災を予言し吉凶禍福を説き、人心を説惑するは警察犯処罰令の適用を受くべきものなり。
而も皇道大本は宗教に非ずと自称するが如きは、自縄自縛の甚だしきものと言ふを得べきが故に、将来に於ては断然、現実的に、論議せざること、その然らざるときは相当処断の途に出づることあるべし。
鎮魂帰神
此の方法にして実害更に甚だしきものあるに於ては、相当法令の下に断然処分を行ふことあるべきを以て、爾今細心の注意を払ふべし。
このきびしい警告の内容についてみても、警察がもっとも関心をもって統制をくわえようとしたのは、大本が国家の政治・経済組織の根本的変革を主張する点にあったことがうかがわれる。だが、この段階では、まだ不敬の問題があらわれてきていないことを注意しておく必要があろう。
しかし、警告によって当局の監視がおわったのではない。藤沼は、同年七月ごろには、警部高芝羆を大本に潜入させ、警告後の大本の反応を調査することもに、検挙の具体的な証拠を手にいれるための捜査を続行した。
霊界物語.ネット～出口王仁三郎 大図書館～