時日の経過とともに、信教の自由と政教分離を原則とする宗教法人令の主旨とその実態があきらかになってきたので、愛善苑を宗教法人とすることになった。そこで、教団が新生した記念の日ともいうべき第一年目（昭和二一年）の一二月八日に、第一回全国代表者会議を道場（西光館）でひらき、あらためて「愛善苑主意書」を発表した。
その「主意書」にはつぎのようにのべられている。
人類は今や新しい天地を迎えようとしています。科学の進歩は物質文明のいちじるしい発達をもたらしましたが、また、戦争のわざわいをいよいよ大ならしめ、人心をしてますます不安ならしめました。ここに人類は深く反省すると共にその本性に目ざめ、世界恒久平和の実現に向って進みはじめました。
そもそも宇宙の本源は神であります。神の愛は万有にあまねく一さいを生かし育てています。人類はひとしく神の子であり、四海は同胞であります。この本義に立ちかえり、あらゆるへだてを超えて、神の心を心とする愛善の世界を実現することは、万人霊性のおのずからなる願いであり、人類最高の理想であります。
この霊性をひらき人類をその本然にみちびき永遠の生命をあたえるものは真の宗教であります。宗教が新しい文化の根源となり、政治、経済、教育、芸術など文化全般の中にとけ入り、人類社会の生活が愛善化するとき、はじめて高度の文化、永遠の平和は打ちたてられるのであります。
われらはここに人類愛善の大義を発揚し、万教同根の真理にもとづき、ひろく相たずさえて万民和楽の地上天国を実現しようとするものであります。
これは愛善苑設立趣意書の精神を、さらにわかりやすくしたものであるが、「宗教が新しい文化の根源となり、政治、経済、教育、芸術など文化全般のなかにとけ入り」、人類社会を愛善化しようとする愛善苑の理想を表現したものであった。それとともに委員長は、「愛善運動の指標」（「愛善苑」昭和２２・１）をしめし、そのなかで、愛善苑の信仰・教義は大本の「教旨」「三大学則」に根ざしていることを明確にし、とくに真信仰の確立を強調した。
さらに会則の一部を改正して、あらたに事務規定をもうけ、本部に総務部（五課）・教務部（五課）・厚生部（四課）の三部および綾部に綾部事務所をおき、一二月八日付で、総務・教務部長に東尾吉三郎、厚生部長に出口新衛が任命された。地方には都道府県を単位として連絡事務所を新設し、また本部にはあらたに協議会をもうけ、本部役員および地方選出の協議員をもって構成し、重要案件を審議することにした。協議員の選出区は北海道・東北・関東・北陸・東海・近畿第一・近畿第二・山陽・山陰・四国・九州の一一区で、会員が民主的に協議員を選出することにした。また同時に、会費は１ヵ月三円にあらためられた。
一九四七年（昭和二二）一月二〇日、本部で第一回の協議会が開催された。ここで宗教法人令による宗教法人の手続きをおこなうことを満場一致で決定したので、会則をそれに応じて一部訂正し、その細則ともいうべき規約を定めたが、このたびの改正によって会則・規約一事務規定はいちじるしく整備された。本部は京都府亀岡町大字荒塚小字内丸一番地（旧亀岡城址）におき、主管者を出口伊佐男として宗教法人の登記を一月二二日完了した。法人手続きによる設立者は、出口伊佐男・出口貞四郎・出口新衛・出口栄二・出口光平・東尾吉三郎の六人であった。
このたびの改正の要点は、あらたに苑主に関する条文がもうけられ（第三条）、綾部事務所を廃止し、本部組織として綾部梅松苑に祭務部をおき、地方に分苑を新設したこと、支部を府県単位におき、支部未設置の地に連絡事務所をもうけ、教の宣伝にあたらせるため、講師・講師補がおかれることになったことなどである。また委員会と協議会の関係もあきらかとされ、協議会は参与および地方選出の協議員で構成されて重要案件を審議し、協議会で審議された事項は委員会に付議決定されることとなった。
同時に本部の機構は、祭務部（祭事・庶務・作業・綾部農場）、総務部（総務・庶務・会計・出版）、教務部（教修・編集・調査・国際・芸術）、厚生部（厚生・農事・建設）となった。従前の役職員はそのまま宗教法人「愛善苑」の役職員となり、二月七日付で、新設の祭務部長には出口栄二が、そして東尾・井上留五郎・大国以都雄・桜井市雁・土井靖都ら一三人がはじめての講師にそれぞれ任命された。
一月二三日には、教団の設立届とあわせて、兵庫県竹田町・島根県松江市・北海道山部村・熊本県吉松村など旧別院の所在地区に、教団の従たる事務所を新設するむね、文部大臣田中耕太郎にたいし届出をおこなった。
〔写真〕
○第１回全国代表者会議 愛善苑道場 亀岡天恩郷 p746
○組織を整備し教団の体制がかためられていった p747
○またたくまに全国の地方組織も復活していった 昭和２２年１月愛善苑金沢会合所設置奉告祭 p748
霊界物語.ネット～出口王仁三郎 大図書館～