主要幹部の検挙と第一次の証拠品の押収がおこなわれたあと一二月一四日、内務省（永野・古賀ら三人）・検事局（小野ら六人）・府警察部（杭迫ら特高課員二六人）の三者が合同して事件以後初の大規模な打合わせをおこなった。そして（１）証拠品の整理、（２）取調べ係員を対象にした第一回「大本教養講座」を開設して（一五日より三日間）、講師は永野・古賀・杭迫らがあたる、（３）証拠品の整理をまって対人取調を開始、（４）内務省警保局の臨時京都出張所（首席・永野事務官）の開設などの方針を決定した。数万点の証拠品の整理は永野ら三四人が六班に分かれて、資料をつぎのように分類した。「みろく神政について、（イ）それが現実の政治変革であり、（ロ）その内容は国体変革であり、（ハ）担当者は王仁三郎であることを示す資料」「主宰神について、（イ）素盞嗚尊は王仁三郎、（ロ）国常立尊、豊雲野尊の顕現者は王仁三郎もしくは開祖直、であることを示す資料および、（ハ）盤古大神、（ニ）大本皇大神に関する資料」「伊都能売の神業に関して、瑞霊すなわち王仁三郎、厳霊すなわち直であることを直截に示す事実」「不敬について、（イ）王仁三郎を統治者となし、（ロ）至尊に擬し、（ハ）綾部を首都に擬したことを示す資料および、（ニ）現皇室に対する、（ホ）歴史に対する不敬を示す資料」「治安維持法について、（イ）国体変革の手段、（ロ）結社の事実を証する資料」「その他、犯罪の傍証となり、取調の参考となる資料」。さらに各被疑者別に精査検討をおこない、その要旨を抜萃して容疑項目を整理した。検事六人もこの作業に参加し、一二月一五日から翌年一月五日までをついやして整理し、編冊各三〇部を作成した。これに要した紙数は三〇万をこえたという。この間にさきにみたような数回の捜索をおこなって証拠品を補足したのであった。
この作業の目的は、第一に、すでに検挙前に成立していたところの大本を抹殺するための理論を強化補充すること、第二に、警察および予審取調べの主たる項目を具体化すること、第三に、取調べにあたる係員に伝達する基本方針と具体的方針を整理し、統一的な取調べをおこなうことなどにあったといってよい。事実、内務省は、この作業にもとついて『大本事件の真相』という極秘資料をまとめ、取調べの指針にした。京都ならびに地方での取調べはすべてこの指針にしたがっておこなわれ、一定のわくにおとしこむように仕組まれてゆくのである。これは「捜査ヲナスニ当リテハ予断ヲ避ケ被疑者ノ利益トナルヘキ事情ヲモ明ニセムコトヲ努ムヘシ」（旧司法警察職務規範第五十九条）との規範の精神を自ら蹂躙するものであった。
検挙されたあと数十日を不当に留置場に放置され、弁護士はいうまでもなく、親族との面会も許されず、検挙の理由をまったく理解していなかった王仁三郎ら六五人（このころはさらに二一人増加していた）を取調べるにあたって、なお当局がこれだけの準備をととのえていたことは、大本抹殺の意気ごみのほどを物語る。
昭和一〇年の暮れのころの留置場の生活を、「大阪毎日新聞」はつぎのように報じている。「当の王仁三郎は朝六時の起床から夜九時の就寝まで寝たり起きたり、時に許された講談クラブなどを読み耽ったりするのが日課、ただ正午頃五、六分、署の庭で日光浴をするのが唯一の人間らしい時間となってゐる。『こちらへはいつてからとても身体の調子がよいです』と感謝してゐる…」（昭和１０・１２・２６）。「宇知麿は……目方もウンと殖え、落つき払つて何ごとか黙々と考へ込んでゐることが多い……。日出麿は……午前中は静座の行をつづけてゐる……。三千麿は……静座して瞑想し、時々バイブルを熱心に読んで『バイブルを通して見たキリストはさほど偉くない、やはり養父（王仁）の方が遙かに偉人だ』と豪語してゐる……。五十麿は一日一回、運動場散歩にのんきさうな足取りを運んでゐる姿は、かかる大事件を生んだ出口一族の者とは思へぬ落着ぶり……」（昭和１０・１２・２７）。その他の幹部もおおむねこのような様子で年の瀬をむかえた。
年あらたまって一九三六（昭和一一）年一月六日には、永野をはじめ関係者全員が、四六人の対人取調べの技術と目標について詳細な打合わせをおこなった。さらに八日、検事局としては治安維持法・不敬の本質犯は小野・鈴木の両検事、参考的外殻犯は三木・田辺・玉沢の三検事担当と決定したうえで、一月九日から予備的な取調べを開始した。綾部・亀岡署に留置されていた徳重敏雄（高嶺）・浜田朋志・奥村芳夫（以上綾部）、平井契也・安藤武雄・中村純一・岡部善平・辻勝英・波田野義之輔・山内二郎・大場群平・浜中助三郎・安部融徳（以上亀岡）らが一週間にわたって入信後の活動などを取調べられた後、京都各署に留置された。
ついで一月一三日と一四日には二代すみ子が綾部署長官舎で、三代直日が神光社（綾部）の二階で取調べをうけた。王仁三郎側近につとめていた林弥生・白石恵子・内崎照代らが、亀岡署に留置されて取調べをうけた。谷前清子は綾部署に留置され、関節炎再発のため苦痛がはなはだしいにもかかわらず長期間身柄を拘束されていたが、一月五日歩行困難な状態になってようやく釈放された。ふたたび一二日に留置され、一四日にまた釈放された。
これよりさき、一月九日には棚町大審院検事・相川内務省保安課長、一一日には小原法相など司法・内務両省の首脳が入洛、京都の検察陣と協議しているが、この時の相川の「解散は既定の方針、問題はその手段」とか「塵一つのこさず征伐する」（「京都日出新聞」昭和１１・１・１１）という発言にみられるように、教団を潰滅するための抜本的な方策が検討されていたのである。
京都の各警察署に分散留置されていた被疑者六五人にたいする取調べは、昭和一一年一月一六日からはじまった。大検挙以来四〇日ぶりのことである。これを五班に分け、五警部・一五警部補・一〇巡査部長・二五巡査の五五人をもって対人取調べの糾察隊を編成し、第一班には高橋誠治・第二班は奥永不可止・第三班は朝倉萬吉・第四班は塩貝作太郎・第五班は小浦定雄の五警部が班長となって取調べにあたった。そして取調べの分担被疑者を、第一班は王仁三郎・高木・井上・岩田その他、第二班は東尾・桜井（重）その他、第三班は出口元男（日出麿）・西村・山口その他、第四班は貞四郎・中村（純）その他、第五班は伊佐男・大深・御田村・栗原その他とした。
警察では、教団を絶滅するのにまず必要な幹部の自白を目ざして取調べを強化した。杭迫は、その間の事情について「（一月十五日）府庁参事会室に於て取調関係者一同予備取調の結果を持ち寄り協議を重ね、翌十六日より三日間に亘り被疑者六十五名に対する打診的取調べを為す事とする。（一月十九日）打診的取調中既に数名の被疑者は包むに由なく不逞の全貌を暴露し、確信に燃へたる全係員は王仁三郎を中心としこれを取り巻く一連の巨頭八名を第一次送局目標に本格的取調を開始することとす。（一月二十五日）彼等は何れも最初神霊の説話、又は宗教乃至精神的問題等に仮託して頑強に不逞事実を否認し続けたるが、事件の全貌は既に事前の証拠品調査、参考人の予備的取調の結果暴露せることとて、遂に本日東尾吉三郎が流涕きよきして一切を自白するに至れり。（二月三日）高橋警部の熱誠遂に元兇王仁を降す」とのべている。このように、まず東尾が、ついで王仁三郎が「自白」するに至ったと記されているわけだが、この「自白」についてはあらためて検討しておく必要があろう。
第一は、最初に自白したのが東尾であるかのように記述されているが、事前の完璧な準備と、残酷な取調べぶりなどで、ナチスのゲシュタボ（秘密国家警察）にも対比される特高警察側の取調べにもかかわらず、検挙以来五〇日、本格的調査を開始してからでも一週間ないし二週間も、「彼らは何れも……頑強に不逞事実を否認し続け」「自白」しなかったことこそ注目されねばなるまい。そのように当局の予想を上回る頑強な抵抗がなされていた。
第二は、この「自白」が任意のものであったかどうかという点てある。大本幹部にたいする取調べの状況を「京都日日新聞」（昭和１１・１・１８）は、「口を揃へ陰謀否認─〝大本〟幹部の取調べなほ峻烈」という見出しで、「各被疑者は肝腎の不穏計画については全面的に否認をつづけ、突きつけられた幾多の物的証拠にも一顧すら与へず、巧に言葉を濁して係官を手古摺らせ、取調べは早くも困難を予想されるに至った」と報じ、「大阪朝日新聞」（昭和１１・１・１９）は、「大体現在までの取調べの結果から首脳部と見られる大物は出口日出麿、出口宇知麿、大深浩三、東尾吉三郎、高木鉄男、栗原七蔵らで、当局では最高秘密機関のブレーン・トラストも彼らによって組織されてゐたものと睨み、峻烈なる追及を進められてゐるが、多くは右の事実を徹底的に否認して、取調官と宗教論を戦はすものもある」と報道している。報道機関すらその峻烈さを記事にしたほどである。
大物の一人と見られていた東尾吉三郎は、一九四〇（昭和一五）年一二月二七日大阪控訴院に上申書を提出したが、それには「四、五日目デアツタト思ヒマスガ 王仁三郎ハサスガニアキラメガヨク何モ彼モスラスラト自白シテ居ル 此ノ上ハオ前モ頑張ル必要モナク遠慮モ要ラヌト宥メルヤウニ自白ヲ勧メラレルノデ 私ハ自分ノ申上ゲタコトハ真実デアリマス 私ノ申スコトヲ信ジテ戴ケヌナラバ何モ申上ゲルコトハアリマセヌト言ヒマスト 未ダ懲リナイカト鉄拳ヲ加へ足蹴ニセラレ 遂ニハ足ヲ頭上ニカケテ蹴リ倒サレルノデアリマス 私ハ余リニモ御取調ノ御無理ナルニ憤慨セザルヲ得ナクナリマシタノデ 声ヲ励マシテ 苟クモ皇国ノ臣民ニシテ神ヲ信ジ神明ヲ畏ルル信仰ノ徒デアリマス 斯様ナ不逞ノ考ヲ以テ日夕神明ノ前ニ額ヅキ得ルトオ考ヘニナレマスカ 寧ロサウ考ヘラルル方ガドウカシテ居ラレマスト申シマシタ ……御二人ノ警察官ハ忽チ立上ツテ 何ヲヌカスカト怒声ヲ張上ゲ左右カラ私ノ両頬ヲ乱打シ 後ハ竹刀ヲ持ツテ処カマワズ打チ叩カレ 果ハ床上ニ引キ倒シテ足ヲ以テ全身ヲ蹴リ踏ミ 殆ンド私ヲシテ意識ヲ失ハシメル迄ニ暴行ヲ加ヘラレタノデアリマス ……コノ拷問ノ下ニ果シテ自分ノ真実ガ貫徹シ得ルデアラウカト危ブマレテ参リマシタ 警部殿ガ何時迄モ自白ヲシナケレバスルヤウニサシテヤル 天ニ向ツテ弓ヲ引イタ幹部ヂヤナイカ 天誅ヲ降スニ血モ涙モアリハセヌト申サレタ事ヲ考ヘマスト 此処デ警察ノ仰セ通リニナラヌト此ノ事件ハ遂ニ死ト共ニ永遠ニ葬リ去ラルルノデハ無カラウカ 一日モ早ク此ノ無理解ノ関門ヲ通過シナケレバ 他日ニ潔白ヲ立テサシテ戴ク途ナキ如ク思ハレマス ……悲憤心頭ニ激シ私ハ遂ニ嗚咽シテ前後ヲ失ツテ了ツタノデアリマス……夫レ以来ハ警察ノ仰セノママニ只無意味ナル服従ヲ続ケテ来タノデアリマス 斯様ナ仕末デ作ラレタ警察ノ御調ベデアリマス……私ノ真意カラ出タモノデハナイノデアリマス」とのべられている。
また出口伊佐男の、昭和一五年一一月一六日に提出した上申書のなかには、「一月二十九日（昭和一一年）ニ至リ御調ベノ御態度ガ俄然一変シ甚ダ峻烈険悪ニ相成リマシタ 私ハ其日モ年来ノ信念ニ基ヅク真実ノ主張ヲ続ケテヰマシタトコロ急ニ椅子ヨリ引下サレ板ノ間ニ坐セシメラレマシタ 警部殿ハイキナリ私ノ胸倉ヲ取ツテ平手デ頬ヲ二三度打タレ 『王仁三郎ハ既ニ自白シ髪マデ切ツテ更生ヲ誓ツテ居ルノニオ前ハマダ頑張ルカ 是カラハ四ツ足扱ヒニスルカラサウ思へ』トテ散々ニ怒鳴リ付ケラレルノデアリマス 之ヲ手始メニ其ノ後警部殿ノ種々指摘サルルトコロヲ否認スレバ 直チニ立上ツテ腕力ヲ加ヘヤウトノ気配ヲ示サレマス 尚『天皇陛下ノ御名ニ於テスル取調ベヲ何ト心得ルカ』『ドコマデモ頑張ルナラバ アクマデ死ヲ睹シテ戦フ』等ト或ハ叱咤シ或ハ威迫サレ 実ニ心外千万ナル犯罪事実ノ肯定ヲ強要セラルルノデアリマス ……四ツ足扱ヒト云ヘバ獣類扱ヒデアリマス ……之ハ又極端ナル拷問ヲ意味スルノデアリマス ヨシ如何ナル拷問ヲ受ケマセウトモ最後ニハ自分ノ主張ヲ容レラレル見込ガアルナラバ私モ又徹底的ニ頑張ルベキデアリマス 然ルニ『アクマデ死ヲ睹シテ戦フ』トノオ言葉ヨリスレバ……之ハ単ナル威嚇デハナク徹底的拷問ニヨリ タトヒ死ニ至ラシムルモ自白セシメルトノ重大決意ヲサレテヰルモノト解スルホカナイノデアリマス 故ニ此ノ場合ノ主張ヲ貫徹スルコトハ絶対ニ不可能ダト感ジマシタ ソレニ斃レテ後已ム信念ニ生キヨト心ニ厳シク叫ブモノガアリマス 然シ若シ不幸ニシテ中途ニ斃レバ事件ノ真相ハ不明ノママ闇カラ闇へ永遠ニ葬ラレテ了ハネバナリマセヌ 煩悶熟慮ノ末遂ニ結論ニ達シマシタ ソレハ父（王仁三郎）モ既ニ同様ノ強圧的御取調ベノタメ不本意ナガラ取調官ノ御意ノママニ御任セ申シタモノデアラウ 何レノ日カ真実ノ主張ノ出来ル処ヘ出タ時自分ハ父ニ次イデ大本ノ真相ヲ釈明スベキ重大ナル責任ガアル サウダ時ヲ待タウ 其レマデハスベテヲ隠忍シテ生キテキナケレバナラヌ 父ノ真意モ必ズソコニアルデアラウ 此ノ場合ハ指摘サルル通リ一時肯定シテオクヨリ他ニ道ハ無イト決意シタノデアリマス」と警察における拷問のむごさを記している。
出口元男は警察における拷問の結果、二月には五条署から日赤病院に移された。その拷問はまことに強烈なものであり、王仁三郎（一月二九日中立売署より五条署に移されていた）によって、〝拷問にかけられ我が子のヒイヒイと苦しむ声を聞くは悲しき〟〝日出麿は竹刀で打たれ断末魔の悲鳴あげ居るを聞く辛さかな〟と詠まれているほどである。元男はその後中立売署にうつされたが、精神異常のままで取調べがおこなわれた。
王仁三郎自身も取調べにあたり長髪をひきずりまわされる苦痛を味わされ、一月二七日には三尺にものぴていた頭髪はついに断髪されたほどである。ときには、けるなぐるの暴行をうけて失神状態になったことさえあった。拷問についての真相はほとんど全員が公判廷または上申書などでこまごまとうったえている。それらによってもいかにはげしい拷問がおこなわれたかがわかる。王仁三郎をはじめとする被疑者たちの「自白」が、暴行強圧によるものであり、任意のものでなかったことはあきらかであろう。なお東尾や伊佐男の上申書によると、警察官から「王仁三郎は既に自白している」といわれたとのべられているが、杭迫の記述には「二月三日、元兇王仁を降す」とあるように、王仁三郎の「自白」といわれるものも、じつはその数日後であった。ここにも警察の欺瞞と誘導とをみることができる。
第三は、拷問をうけた王仁三郎らが、公判廷において真実を主張する機会を求めていたという点である。しかしこの「自白」により、それがたとい強制された「自白」にしろ、王仁三郎を「統治者」とするための「結社」の組織を認めしめられたことが、事件のその後の進展に重大な影響を与えたことも見逃せない。すなわちこの「自白」にもとづいて、二月一五日には井上留五郎の警察聴取書が作成され、井上が一七日に検事局に送局されたのをてはじめに、二四日までに王仁三郎・高木鉄男・東尾吉三郎・岩田久太郎・桜井同吉・中村純一・吉野光俊らが、つぎつぎと送局されるにいたった。
警察の取調べがおわると、それぞれ取調べにあたった司法警察官から、京都地方裁判所検事正徳永栄吉あてに意見書が提出されて、取調べはさらに検事局にうつった。王仁三郎の取調べには小野謙三検事があたり、その他鈴木庄太郎・三木晴信・玉沢光三郎・田辺光夫の四検事が被疑者の起訴決定についての取調べを分担した。もともと警察における取調べは、検事局の指揮のもとにおこなわれたものであったから、（旧刑事訴訟法第二百四十八条）ここではあらたな取調べというよりも、警察における聴取書を整理する程度にとどまり、三回～五回くらいで形式的な取調べがおわび、起訴の段階にはいってゆく。
〔写真〕
○聖師は６年８ヵ月をとらわれの身となった 京都中立売警察馨 p414
○相川勝六 棚町丈四郎 p415
○万全の準備をととのえて残酷な取調べが開始された 現地での首脳会議 左から鈴木京都府知事 小野京都地検思想検事 鈴木同上席検事 堀部同次席検事 徳永同検事正 相川警保局保安課長 棚町大審院検事 永野内務省事務官 薄田京都府警察部長 p416
○鳩首謀議する取調べ関係者 上左手前から戸叶警部補 高橋 永野内務省事務官 薄田京都府警察部長 内務省事務官 豊原警務課長 奥永警部 朝倉警部 城警部補 塩貝警部 下 前列左から 北窪警部補 蔵本警部補 塩貝 朝倉 奥永 豊原 後列左から 高橋警部 古賀内務省事務官補 杭迫京都府特高課長 永野 薄田 p416
○殺人的拷問に耐え無法な取調べにはげしく抵抗した p418
○断髪直後の出口聖師 京都中立売警察署 p421
○田辺光夫 玉沢光三郎 三木晴信 鈴木庄太郎 p422
霊界物語.ネット～出口王仁三郎 大図書館～